В Молдoве Фонд действует через свое представительство в этой стране. 

Представительство было создано на основе Польско-Молдавского межправительственного соглашения в 2012 году и с того времени ведет работу Информационного центра для местных властей. Деятельность центра финансируется из средств польского сотрудничества в целях развития, Генеральной дирекции международного сотрудничества и развития, ФМП США, Департамента Великобритании по международному развитию, Международного Вышеградского фонда, МИД Литвы и других дарителей. Партнерами представительства ФМС в Молдoве являются центральная власть, самоуправления, неправительственные организации, местные предприниматели, заграничные актеры (например, ПРООН, чешская организация «Человек в нужде»), а также польские учреждения, действующие в интересах сотрудничества в целях развития в данной стране (Министерство развития, самоуправления, неправительственные организации).

Главное направление деятельности Центра – поддержка местного развития. В сельской местности Центр совместно с ПРООН и АМР США пилотирует внедрение системного подхода Европейского союза к развитию – LEADER/CLLD (Местное развитие под управлением общественности) – помогая в создании первых в Молдoве Местных групп действия, т.е. сотрудничества институтов и лиц, представляющих местные общественные и частные интересы и выработку ими общей картины развития территории, на которой они проживают. В 2017-2018 годах Центр принимает участие в создании около 20-ти Местных групп действия на территории всей Молдoвы. Фонд также помогает в разработке Местных стратегий развития, а в пределах Программы малых проектов финансирует ведение местных проектов развития, в том числе проектов в интересах развития малого и микро- предпринимательства. Кроме того, Центр оказывает поддержку местным инициативам развития на неконтролируемой центральной властью Молдoвы территории Приднестровья, продвигая модель Местного развития, опираясь на ресурсы (Asset-based community development; ABCD), а также Сотрудничеству с молдавскими регионами, расположенными на другом берегу Днестра.

В городах Фонд в сотрудничестве с польским Министерством развития продвигает проект оживления и активизации городов. В рамках данного проекта Центр сотрудничает с избранной группой 14 молдавских городов, которым оказывается помощь в разработке Планов активизации на основе польского опыта. Проект охватывает также дополнительное финансирование продвигаемых Проектов активизации в отдельных городах. Центр действует в тесном сотрудничестве с молдавским Министерством сельского хозяйства, регионального развития и окружающей среды, действуя с целью разработки юридических и институциональных решений, которые дадут возможность вписать оба механизма (подход Местного развития и активизации) в молдавскую политику регионального и местного развития.