W Mołdawii Fundacja działa za pośrednictwem swojego przedstawicielstwa w tym kraju.

Powstało ono na mocy polsko-mołdawskiego porozumienia międzyrządowego z 2012 roku i od tego czasu prowadzi Centrum Informacyjne dla Władz Lokalnych. Działania Centrum są finansowane ze środków polskiej współpracy rozwojowej oraz środków pochodzących od innych donorów, między innymi EuropeAid, USAID, British AID, Międzynarodowego Funduszu Wyszehradzkiego, litewskiego MSZ. Partnerami przedstawicielstwa FSM w Mołdawii są tamtejsze władze centralne, samorządy, organizacje pozarządowe, lokalni przedsiębiorcy, aktorzy zagraniczni (na przykład UNDP, czeska organizacja People in Need), jak również polskie instytucje zaangażowane we współpracę rozwojową w tym kraju (Ministerstwo Rozwoju, samorządy, organizacje pozarządowe).

Głównym kierunkiem działania Centrum jest wspieranie rozwoju lokalnego. Na obszarach wiejskich Centrum pilotuje – między innymi we współpracy z UNDP i USAID – wdrażanie unijnego systemowego podejścia do rozwoju LEADER/CLLD (Rozwój Lokalny Kierowany przez Społeczność). Polega to na pomocy w tworzeniu pierwszych w Mołdawii Lokalnych Grup Działania, czyli partnerstw instytucji i osób reprezentujących miejscowe interesy publiczne, prywatne i społeczne, które wypracowują wspólną wizję rozwoju terytorium, na którym funkcjonują. Obecnie (lata 2017–2018) Centrum jest zaangażowane w tworzenie około dwudziestu Lokalnych Grup Działania na terenie całej Mołdawii. Fundacja pomaga także w wypracowywaniu Lokalnych Strategii Rozwoju, a w ramach Programu Małych Projektów finansuje pilotażowe lokalne inicjatywy rozwojowe, w tym działania na rzecz rozwoju mikro- i małej przedsiębiorczości. Ponadto Centrum jest zaangażowane we wsparcie miejscowych inicjatyw rozwojowych w niekontrolowanym przez mołdawskie władze centralne Naddniestrzu, gdzie promuje model rozwoju lokalnego w oparciu na zasobach (Asset-based community development; ABCD). Współpracuje także z mołdawskimi regionami położonymi po drugiej stronie Dniestru.

W miastach Fundacja we współpracy z polskim Ministerstwem Rozwoju promuje rewitalizację. W ramach tych działań Centrum współpracuje z grupą czternastu wybranych mołdawskich miast, którym udzielana jest pomoc w opracowywaniu miejskich planów rewitalizacyjnych na bazie polskich doświadczeń. Projekt obejmuje również dofinansowanie pilotażowych projektów rewitalizacyjnych w poszczególnych miastach.

Centrum ściśle współpracuje z mołdawskim Ministerstwem Rozwoju Regionalnego i Budownictwa, działając na rzecz wypracowania rozwiązań prawnych i instytucjonalnych, które umożliwią wpisanie obu mechanizmów (podejścia LEADER oraz rewitalizacji) w mołdawską politykę rozwoju regionalnego i lokalnego.